記載内容を入力して送信することにより添付省略とする書類と、税務署に現物を提出する書類を選択することはできますか。

 選択できます。
 例えば、給与所得の源泉徴収票は記載内容を入力して送信することにより添付を省略し、医療費の領収書は現物を提出することも可能です。
 ただし、使用される民間ソフトウェア会社の会計ソフトによっては、選択できない場合もありますのでご注意ください。この場合には、申告書データの送信後に利用者の方のメッセージボックスにご利用になられた手続の受付結果の通知が格納されますので、「申告書等送信票(兼送付書)」を印刷の上、添付書類と共に所轄の税務署に提出していただくことになります。
 なお、添付を省略した書類については、法定申告期限から5年間は、保存しておく必要があります。

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